1911年10月，武昌首义，各地纷纷响应。黄宗仰在先出资协助陈其美、李燮和诸人策动上海光复。事成后，陈、李为护军都督席位相持不一，他又出面调解，力劝李燮和退让，使率所部退驻吴淞，并为此劝说哈同捐资助其率师北伐。是年秋冬，感应国内革命形势的迅猛发展，章太炎、孙中山相继从海外莅沪。黄宗仰又亲至吴淞迎候，借爱俪园作其掩护藏身之处。
此后，面对民国初年回流曲折的政潮和波谲云诡的时局，黄宗仰虽谢绝交际，但并非不闻政治。比如，针对革命党思想涣散、日趋严重的分裂局面；针对因财政窘迫而衍生的外债交涉问题，黄宗仰以卓然的姿态、犀利的文字，坚决站在革命党人一边，与当政的袁世凯北京政府展开了尖锐的思想交锋。
由1913年3月宋教仁被刺事件所激起的风潮中，黄宗仰更是亦诗亦文，涕泗无从，他既为挚友壮志未酬而扼腕，更警策国民急起征讨反动派的罪行，寄望于国民继承先烈遗志，矛头直对指使暗杀的主凶袁世凯，口诛笔伐，在舆论上动员讨袁。
在兴师讨袁以及随之而来的“二次革命”中，黄宗仰因事因人，契机契理，无不随时作出了自己的反映。面对革命党人在反袁策略上的意见歧异，黄宗仰呼吁同胞团结精神，鼓起民心，以弱战强，克敌制胜。随后，当李烈钧宣布江西独立，他高吟“一朝雷雨动地来，大江淘起英雄浪”，为“二次革命”的爆发欢欣鼓舞。当蒋观云等发起弭祸公会，要求袁世凯辞去总统职务，以消弭战祸之际，他有感发文，表明坚决的讨袁态度。针对当时新闻界巧言遁辞、不敢主持公道的种种迹象，黄宗仰又撰文要求言论界审时度势，在倒袁义举中与国民同心合力，共歼袁贼。同时作《讨猿篇》长诗一首，由“猿”及“袁”，以物拟人，以巧妙构思之句，痛快淋漓之语，鞭挞袁氏当政以来的种种暴行，生动刻画了国人怒不可遏的反袁心理。
这些见诸报端的时评政论表明，身处错杂动荡、急遽更替的民初政治局势下，黄宗仰以鲜明的立场，犀利的笔调，直斥袁世凯专制独裁的真面目，讴歌年轻的民主共和国，充分体现了旨在维护共和政体，保卫辛亥革命成果的真诚愿望，从而标志了他应机而化的思想跨入了又著新色的阶段，也为他的传奇生涯再度添上了浓墨重彩的一笔。
“二次革命”失败后，袁世凯正式确立了独裁统治，并加紧复辟帝制活动。1914年初秋，黄宗仰知事不可为，终于辞别上海，重返镇江金山寺，并于1915年至1917年，过起了掩关三年的生活。期间穷究遗编，遍览十二部经。所谓“提起精神行得，脚跟把定立得。源头寻得坐得，放下万缘卧得。如是来得去得，饿得冻得，万物静观皆自得。”题赠高鹤年《名山游访记》的一首诗偈，最能说明他此间的参禅境界了。
不过，看似息影山林，掩不去的依旧是对时事默默关注的心影。
1915年12月，袁世凯帝制自为，改民国五年为洪宪元年。感叹袁贼倒行逆施，黄宗仰抚今追昔，嘘唏难言。在他眼里，天地含愁，山水饮恨，为此以“江山送别”为题，以“共和末日”为念，绘图一幅，兴亡之感溢于画外。随后又作《丙辰纪念图》，意在颂扬蔡锷讨袁护国的业绩。
1918年出关后，黄宗仰衲衣芒鞋，先后出游匡庐、九华、天台、雁荡诸山。此外，积极支持欧阳竟无等在金陵刻经处筹设支那内学院，并代募三千经费。不久，黄宗仰偕同青权法师、扬州寂山、雨山法师，前往南京栖霞寺访僧绍遗绪。栖霞寺作为南朝齐梁名刹，清咸丰年间因太平军战火，殿宇倾圯，残破不堪。游访至此，黄宗仰备觉凄凉，萌生修复宏愿。1919年7月，黄宗仰以金山分灯，致力于修复栖霞寺，驻锡其地，发愿重振宗风。孙中山闻讯后捐银元一万，四方善士一时慨然募资。
正当大殿即将落成之际，黄宗仰因操劳过度，于1921年7月22日圆寂于僧舍，年仅57岁。弟子惟德在缮完殿堂后建塔纪念，章太炎为撰《栖霞寺印楞禅师塔铭》。
黄宗仰示寂后，其爱国爱教的非凡道行一直为后人所缅怀。
1922年，时任民国总统黎元洪挽以联云：“奥旨遐迩，道根永固；辞机旷远，名翼长飞。”1936年，国民党中央委员张继﹑于右任﹑戴季陶﹑吴稚晖﹑邵元冲﹑朱家骅﹑李烈钧﹑居正等人联名呈请政府加以褒扬，认为：“迹其生平，襟怀磊落，德性坚定，闻义必先，避免若浼，实佛门之龙象，吾党之瑰奇。”（雪烦《宗仰上人与孙中山先生》）对黄宗仰匡襄革命、竭智尽忠的历史功绩给予了高度评价。后由政府拨专款修塔立碑，以示表彰，成为身后唯一荣膺国民政府褒典的佛界中人。
黄宗仰为金山临济宗第四十四代祖师，金山分灯中兴栖霞第一代。南京栖霞寺为此专设宗仰上人纪念堂，堂内正中为黄宗仰画像，有题联一副：“说法宗三论，印心属二伽。”并陈列了翁同龢、章太炎题赠黄宗仰的墨迹，以及黄宗仰手绘图卷和其他有关史料。台北佛光山寺星云法师为栖霞法裔，也在佛光山大智殿设有“宗仰上人纪念堂”。由弟子惟尽撰写碑文，接待世界各地前来瞻仰的人们。
以出世精神做入世事业，乌目山僧黄宗仰的业绩理应载入史册，永远值得后人的敬仰。
