据1988年在铜陵民间发现的天地会重要文献《香花僧密典》载:唐懿宗咸通年间,正觉禅师智广上人倡建兴化清源九座寺,钵承南祖临济义玄禅师,广传临济正宗,寺僧五百余众,有南少林之誉。明天顺间,大德主持随缘赴感,拈花悟旨,亲送寺祖明雪熙贤南下弘法,渡海入岛,在铜山(今东山岛,下同)龙潭山下劝募施舍,鼎建古来寺。
明成化三年(1467年),明雪熙贤择地东坑,创建古来寺,成为古来寺开山祖。明末清初,古来寺成为南少林僧众抗清复明活动的重要场所。清康熙三年,清朝实行“迁界”,古来寺被毁。康熙四十年,重建古来寺。道光十年(1830年),日端和尚住持古来寺,发愿重修古来寺,铜山信众、商号闻风信仰,踊跃乐捐,重修大殿,扩建僧房,使之焕然一新。1940年6月,时任东山县县长楼胜利发布《东山县政府训令》,在全县发动破除迷信、改造神庙活动,古来寺被改为“行政干部训练所”,寺中佛像被烧毁,石碑被推倒丢弃,寺前一口古井被掩盖,寺前广场改造成训练场,一座数百年古寺,一时间面目全非。
1983年7月,铜陵比丘尼释遵礼发愿重建古来寺,并于1989年11月初步恢复重建。此后,古来寺香火鼎盛,恢复原貌工作不断进展。这座有546年历史的古寺庙,大殿供奉准提佛(俗称“海口佛母”),同祀三宝佛。