虽然水晶和玛瑙的化学成分都是二氧化硅，但二者还是有一些区别的，水晶是单晶体，一块水晶通常是一个水晶晶体，而玛瑙则是多晶集合体，在电子显微镜下看到玛瑙则是由无数微小的二氧化硅的晶体组成，所以通常玛瑙是半透明的，而水晶则是透明的。
玛瑙和玉髓与相似玉石的区别
玛瑙和玉髓均为隐晶质石英，矿物学中统称为玉髓。宝石界将其中具纹带构造隐晶质块体石英称为玛瑙。玛瑙具有各种颜色的环带条纹，如果块体无纹带构造则称玉髓。晶体形态属隐晶质，具粒状、纤维状结构，集合体常为钟乳状、肾状、结核状、致密块状。玛瑙和玉髓纯者为白色，因含色素离子和杂质使玛瑙颜色非常丰富，所以有“千种玛瑙万种玉”之说，颜色为红、蓝、绿、葱绿、黄褐、褐、紫、灰、黑等色，且有同心状、层状、波纹状、斑纹状各样花纹。油脂光泽至玻璃光泽，透明至半透明。无解理，贝壳状断口，有裂纹。
玛瑙和玉髓根据不同颜色、纹带及其它花纹可以区分开。玉髓制品易与东陵石、密玉、碧玉等相混淆，可以根据颜色、质地、密度等方面的差别来区分。玉髓制品光亮、隐晶质结构，质地细腻。东陵石等石英岩颗粒粗大，细粒结构，质地相对较粗糙。与绿玉髓相似的玉石有绿色翡翠、绿松石、天河石等。绿色翡翠变斑晶交织结构，可见到斑晶或纤维状硬玉晶体。绿松石透明度差，瓷器光泽，硬度低，为5-6。天河石具有明显格子状条纹。
天然水晶玛瑙的鉴别常识
明度：真玛瑙透明度不如人工合成的好，稍有混沌，有的可看见自然水线或“云彩”，而人工合成的玛瑙透明度好，象玻璃球一样透明。
工艺质量：优质高玛瑙的生产工艺严格且先进，故表面光亮度好，镶嵌牢固、周正，无划痕、裂纹
级别：水胆玛瑙是玛瑙中最为珍贵的品种，特征是玛瑙中有封闭的空洞其中含有水。
重量：真玛瑙首饰比人工合成的玛瑙首饰重一些
温度：真玛瑙冬暖夏凉,而人工合玛瑙随外界温度而变化,天热它也变热，天凉它也变凉。怎样选择玛瑙首饰呢？首先要根据自己的喜爱来选颜色。红色玛瑙首饰最贵重，如选玛瑙项链须注意每珠子颜色的深浅要一样,没有杂色，珠子的大小搭配要适当,还要注意光洁度要好。然后，把项链提起来看看是否垂直，每个珠子是否都垂在一条线上，如果项链出现弯曲，这说明有的珠子的眼儿偏了，加工工艺粗糙。
颜色：真玛瑙色泽鲜明光亮，假玛瑙的色和光均差一些，二者对比较为明显。天然红玛瑙颜色分明，条带十分明显，仔细观察，在红色条带处可见密集排列的细小红色斑点。用石料仿制的假玛瑙烟壶多数在底部呈花瓣形花纹，络成“菊花底”；而染色蓝玛瑙颜色艳丽、均一，给人一种假的感觉。
质地：假玛瑙多为石料仿制，较真玛瑙质地软，用玉在假玛瑙上可划出痕迹，而真品则划不出。从表面上看，真玛瑙少有瑕疵，劣质则较多。
注意事项
级别：各种级别的玛瑙，都以红、蓝、紫、粉红为最好，并且要求透明、无杂质、无沙心、无裂纹
真玛瑙首饰比人工合成的玛瑙首饰重一些。
块重4.5公斤以上为特级，1.5公斤以上为一级，0.5公斤－1.5公斤为二级
